她先是跟随导演谢晋，在《啊！摇篮》《天云山传奇》中担任副导演。她曾在采访中透露，在《啊！摇篮》剧组中自己负责“管驴”，“就是牵着驴子队伍走，跑来跑去，站位置”。
年起，黄蜀芹开始独立执导影片，其代表作包括曾执导《青春万岁》《画魂》等电影，也包括《围城》《孽债》等电视剧作品。
年，上海文化出版社出版黄蜀芹传记《写意光影织妙镜》，其中的“艺术访谈”章节收录了“女性电影”与“写意表达”两个角度的内容。“女性写意”一词，也经常被用来形容她的影像风格。
年的《人·鬼·情》被认为是黄蜀芹创作上的转折点。影片由黄蜀芹自编自导，被誉为“中国第一部女性主义电影”。《人·鬼·情》在海内外备受瞩目，不仅斩获第八届电影金鸡奖最佳编剧、最佳男配角，还获得了第五届巴西利亚国际影视录像节电影金鸟奖、法国第十一届克雷黛国际妇女节公众大奖。
《人·鬼·情》基于河北梆子演员裴艳玲真实经历改编，讲述女性艺术家秋芸在时代的洪流中经历事业与情感上的坎坷与磨难，最终选择拥抱舞台艺术、成为“女武生”的故事。在修辞策略上，《人·鬼·情》采用“一实一虚”两条叙事线索彼此交织勾连，实写秋芸作为反串女演员的艰难经历，虚写秋芸的舞台表演，用《钟馗嫁妹》这出戏剧来影射秋芸的人生。
黄蜀芹曾在《当代电影》的访谈中透露，《人·鬼·情》的创作源于蒋子龙的报告文学，其中“裴艳玲现在要排《钟馗嫁妹》”一句，触动了她的心。“女演员要演一个男人，而且还是一个丑陋的鬼”，男与女、人与鬼、美与丑、阴与阳之间的张力，让人物形象丰满起来。读罢文章，黄蜀芹一抬头看到墙上丈夫绘制的脸谱，便有了创作灵感。
她也坦言，拍摄《人·鬼·情》之前，她脑海中根本没有过“女性意识”这个概念，但她很明白“我是站在女性角度看这个人”，反而是她的儿子郑大圣看过影片后评价其为“女性电影”，才让她有了这个意识。
许多人更熟悉的黄蜀芹作品，是电视剧《围城》。《围城》改编自钱锺书同名小说，由陈道明、英达、吕丽萍等主演，获第九届全国电视“金鹰奖”和最佳导演奖，第十一届全国电视剧飞天奖二等奖、首届国际电视节金熊奖、第二届全国电视中篇连续剧优秀影视片中篇连续剧一等奖。
电视剧《围城》也得到了作者本人的认可。据《新民周刊》报道，电视剧播出后，钱锺书杨绛夫妇向黄蜀芹寄来信件，赞扬片子很好、没有走样，“仿佛又回到了那个时代，又回到了上海”。此后，也有人向杨绛先生发出邀请，希望能购买其60多年前话剧的改编版权，但杨绛却坚持，希望能由上海的黄蜀芹、孙雄飞来做，“他们曾经改编拍摄了《围城》，对那个年代生活熟悉。”
另一部带来收视热潮的电视剧是年播映的《孽债》。黄蜀芹首创电视剧中运用沪语对白，以沪语在上海电视台播映，创下42.62%的收视率，获“飞天奖”三等奖。
此后，黄蜀芹依旧没有停下创作的脚步。年，她执导父子题材电影《我也有爸爸》，获得第47届柏林国际电影节国际评委特别奖。年执导影片《嗨，弗兰克》，随后还出版了黄蜀芹自述成长经历和拍摄《嗨，弗兰克》等影片过程的图书《东边光景独好》。年4月，65岁的黄蜀芹执导根据张恨水同名小说改编的年代剧《啼笑因缘》。
黄蜀芹曾任中国电影家协会理事、上海电影家协会副主席。年3月27日，荣获中国电影导演协会颁发的杰出贡献奖。
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